首先，某些含有内分泌功能的卵巢肿瘤，如卵巢甲状腺瘤、卵巢颗粒-卵泡膜细胞瘤、睾丸母细胞瘤等，可因其所含肿瘤组织成分不同而产生某些相应激素，从而干扰了卵巢激素的正常分泌和排卵，出现闭经，子宫出血，多毛和不怀孕等症状。
其次，巧克力囊肿堵住输卵管，即便能生出卵子，卵子也无法进入子宫，这同样会造成不孕，因此要想怀孕是可谓是难上加难啊。某些卵巢巧克力肿瘤出现急慢性扭转、破裂时，影响卵巢血运和引起坏死，继而出现卵巢功能障碍和不排卵，如为双侧性，则影响更大。此外，通常较小的囊肿不易发生破裂，由于药物治疗效果差，难以巧克力囊肿，当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加，它长到大小，自发破裂常难以避免。因此，它的确是藏在盆腔内的“炸弹”，说不定何时会发生“爆炸”。
